Самым экологичным видом водного транспорта являются гребные лодки и парусные суда. Они практически не влияют на окружающую среду в процессе эксплуатации, чего нельзя сказать о моторных лодках, яхтах и круизных суднах. Последние, так же как и наземный транспорт, оставляют после себя углеродный след.
Моторные лодки, особенно старые, не только выделяют продукты сгорания, но и очень часто способствуют тому, что в водоем попадает моторное масло. Также они издают значительный шум, который, распространяясь вглубь водоема, плохо влияет на его обитателей.